Em um futuro distante, um hormônio psiônico foi descoberto no cérebro humano, concedendo às pessoas poderes extra-sensoriais e mudou o mundo como o conhecíamos. Quando a humanidade entrou nesta nova era, mutantes perturbados conhecidos como Outros começaram a descer do céu com fome de cérebros humanos. Altamente resistente aos métodos convencionais de ataque, medidas extremas precisam ser tomadas para combater a ameaça esmagadora e preservar a humanidade. Aqueles com habilidades extra-sensoriais agudas, conhecidos como psiônicos, eram nossa única chance de lutar contra o ataque de cima. Desde então, os psiônicos foram escolhidos por seus talentos e recrutados para a Outra Força de Supressão (OSF), a última linha de defesa da humanidade.
Apresentando uma história dupla, comece sua aventura com Yuito Sumeragi, um recruta enérgico de uma família política de prestígio ou Kasane Randall, o misterioso batedor cujo poder e habilidade ganharam grande notoriedade entre os OSF. À medida que suas diferentes experiências se entrelaçam, é só então que você revelará a história completa e desvendará todos os mistérios de um futuro Brain Punk preso entre tecnologia e habilidades psíquicas em SCARLET NEXUS.